Determining Genome or Protein Composition Using Natural Vectors and Convex Hulls
组织者
演讲者
时间
2024年06月16日 14:30 至 15:00
地点
理科楼A-304
摘要
Despite advancements in sequencing technology, genome and protein sequences available are just a fraction of nature. Predicting new sequences from existing data remains challenging. This paper uses the natural vector method and convex hull principle to determine nucleotide or amino acid composition of new sequences. Our optimization-based algorithm, validated with SARS-CoV-2 datasets, accurately predicts nucleotide or amino acid counts using second-order natural vectors.
演讲者介绍
焦小沛，于2017年本科毕业于上海交通大学致远学院（物理班），2022年博士毕业于清华大学数学科学系，师从丘成栋教授（IEEE fellow，前美国伊利诺伊大学芝加哥分校终身教授）。先后在北京雁栖湖应用数学研究院，荷兰特文特大学从事博士后工作（导师Johannes Schmidt-Hieber教授，国际数理统计学会会士）。现研究方向包括控制理论，数值偏微分方程，生物信息学。获得2025年国家青年科学基金[C类]资助。