Determining Genome or Protein Composition Using Natural Vectors and Convex Hulls
组织者
演讲者
时间
2024年06月16日 14:30 至 15:00
地点
理科楼A-304
摘要
Despite advancements in sequencing technology, genome and protein sequences available are just a fraction of nature. Predicting new sequences from existing data remains challenging. This paper uses the natural vector method and convex hull principle to determine nucleotide or amino acid composition of new sequences. Our optimization-based algorithm, validated with SARS-CoV-2 datasets, accurately predicts nucleotide or amino acid counts using second-order natural vectors.
演讲者介绍
焦小沛，本科毕业于上海交通大学致远学院，博士毕业于清华大学数学科学系。先后在北京雁栖湖应用数学研究院，荷兰特文特大学从事博士后工作。现研究方向包括有限维滤波理论，丘-丘滤波方法，物理信息神经网络以及生物信息学。研究兴趣主要集中于（1）利用李代数等几何工具进行偏微分方程求解与有限维滤波系统的分类；（2）设计基于物理信息神经网络的新型数值算法。