战略发展委员会是为北京应用院设立的专门工作机构。委员会委员由北京市政府、市科委、市财政局、怀柔区政府的代表、北京应用院理事长、院长、清华大学的代表共同组成。委员会主要负责研究北京应用院长期发展战略，协调北京应用院的重大问题和支持政策。战略发展委员会主任由北京市领导担任。
院长：丘成桐
常务副院长：刘正伟
党支部书记：朱毅
副院长：邬荣领、朱毅、龙飞、雍稳安
